Fundada no dia 15 de julho de 1965 e conhecida como a Empresa de Transportes Macaubense, a Emtram iniciou suas operações com apenas dois ônibus, que faziam a ligação entre o interior da Bahia e São Paulo. O transporte regular da empresa cresceu junto com a demanda ao longo do tempo por mão-de-obra no sudeste e nas grandes capitais, realizando o transporte regular entre os municípios da Bahia. Com o passar das décadas, a empresa obteve o direito de explorar diferentes rotas interestaduais, que passam pelos estados da Bahia, Minas Gerais, Rio de Janeiro, São Paulo, Goiás, Distrito Federal e Sergipe (Viatran). Além de operar em linhas intermunicipais de Bahia a Tocantins, a viação Emtram é responsável pelo transporte semiurbano do estado baiano.